許多資料都介紹水培植物根部入水一半或2/3, 這是個不錯的方法, 不過也要看植物的種類和不同時期區別對待。 多數天南星科植物在水培的初期, 可以把原來在土裡的根全部入水, 這樣可以有效地減少萎蔫, 並保證新的氣生根能吸上水並快速地生長起來, 而這些新根最能適應水培的環境也最漂亮。
對於萬年青一類根部不分叉比較脆嫩的根, 在洗根時要細心地保證根的完整, 不要讓根受傷和折斷, 已經折過的根可以從基部切掉, 這樣根就不容易腐爛。 象小天使龜背這樣主根和鬚根比較明顯的,
有一類植物象吊蘭、銀邊草有粗大的肉質根, 這些肥大的肉質根在水裡很容易腐爛, 完全水培成功後生長的是一些細根。 這些肉質根在一開始就應該全部剪掉,
滴水觀音的肉質莖很容易發根, 可以把水泡到你需要它發根的位置。 它的肉質莖會腐爛, 遇到這種情況一定要及時切除, 除了切掉以外還有一個辦法就是用手掰掉已經腐爛的部分, 用些力把發黃的部分一直掰到一個自然形成的分離層, 這樣處理過以後就不會再爛下去了。
發財樹、榕樹這樣的植物入水的深度就要淺很多,
一些植物在水培初期根部全部泡在水中還是有利的, 等到新根已經長成可以適當降低水位讓一部分根露出來, 這樣管理也比較方便。