水培使花卉擺脫了土壤病蟲害的侵害, 但仍然會受到擺設環境病蟲害的侵害。 空氣中的真菌、細菌、病毒仍可浸染水培花卉的莖葉, 使其受到不同程度的病變。 蚜蟲、介殼蟲可隨風飄至室內, 降落到水培花卉上刺吸汁液。 飛蛾在花卉上產卵, 孵化成幼蟲, 也會咀食花卉的嫩葉、莖尖。 脫盆洗根改為水培的花卉, 同樣會帶有真菌、細菌、病毒、蟲卵、幼蟲等, 若不仔細檢查清除, 會留下隱患。
水培花卉因其擺設環境的特殊性, 一旦發生病蟲害, 不宜使用化學農藥殺蟲, 也不能用大劑量的殺菌劑滅菌。 這些藥物雖能起到殺蟲滅菌的作用,
在選擇水培花卉時, 盡可能挑選植株健壯、生長茂盛、無病蟲害的花卉。 在養護過程中若發現蟲害, 可採用人工捕捉, 或用自來水沖洗清除。 水培花卉發生浸染性病害是不多的, 只有在少數葉片上有褐色病變, 乾癟壞死, 或者有不規則形濕漬狀病變, 是由真菌或細菌浸染形成, 發現後應將整片病葉摘除燒毀, 勿使其蔓延。 發生脫節、爛根的水培花卉, 可採用植株更新的方法處理, 在莖節下端3釐米處截取上端尚完好的枝條, 插在清水裡, 經過一段時間的養護管理, 又能長出新根成為獨立的植株。
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