萱草的主要病害有銹病、葉枯病等；主要蟲害有金龜了、尺蠖等。 銹病病發初期， 葉片上會有褪綠白點狀病斑， 逐漸會發展為黃或鏽黃色膿皰狀小點， 成熟後皮破會散發出黃粉。 銹病可用500倍代森鋅水溶液噴灑預防。 病發初期。
要用300倍敵鏽鈉水溶液噴灑治理， 每10天噴一次。 害蟲金龜子， 主要危害是咬食萱草的幼芽、葉片、花、花蕾， 每年發生一代， 危害期是5-8月。 可噴灑000倍樂果水溶液治理。 尺蠖， 主要危害是啃食萱草葉片， 傷害性大。 防治可用50%殺暝松1000倍水溶液噴灑， 也可在早春時節， 挖除越冬蟲蛹消滅之。
