儘管山水盆景以山石為主， 但由於山石上點綴了植物， 因此山水盆景與樹木盆景一樣也要進行管理， 而且由於山水盆景的山石上栽植植物用土一般較少， 更需要精心管理。 山水盆景的管理方法與樹木盆景基本相同， 但是應特別注意下面幾點：
第一、噴水
平時除了在盆中貯滿清水外，
還必須經常對整個山石進行噴水，
尤其是用吸水不良的硬質材料製成的盆景。
山石上的植物全靠人工噴水養護，
稍有疏忽，
就造成植物枯萎。
對於用吸水性能好的松質石料製成的盆景，
第二、施肥
山石上栽植的植物不僅土少，
而且不便換土，
因此植物很容易缺乏養分，
必須經常進行施肥，
才能使植物生長良好。
肥料選用稀薄的液肥，
便於澆施。
也可以把山石放在肥水中浸透，
再將表面用清水沖洗乾淨。
第三、放置
山水盆景上的植物一般土少、根淺，
不宜暴曬，
夏天必須進行遮蔭或者放置在半蔭處。
其它季節應放在光線充足、通風良好、便於觀賞的地方。
除以上幾點外， 山水盆景還要注意盆中的清潔， 盆中的水經常進行更換， 並將盆內清洗乾淨， 以增強觀賞效果。 在搬動盆景時要注意小心輕放， 特別要防止損壞山石的基腳部分。
