（1）莖腐病， 主要為害莖和根部。 發病初期， 根莖部出現淡褐色的病斑， 嚴重時植株枯死。 防治方法為輪作、土壤消毒及藥劑防治。 發病初期向發病部位噴施40％乙膦鋁可濕性粉劑200～400倍液， 或用50％敵菌丹可濕性粉劑1000倍液澆灌植株根莖部。
（2）苗腐病， 主要為害幼苗。 發病初期幼苗近土表的基部或根部呈水漬狀， 最後腐爛， 以致全株倒伏或調萎枯死。 發病初期可噴灑50％多菌靈可濕性粉劑800倍液或75％百菌清可濕性粉劑800倍液。
（3）草銹病， 主要為害葉片、嫩莖和花萼。 發病初期， 可噴灑15％粉鏽寧可濕性粉劑2000倍液或65％代森鋅可濕性粉劑500倍液。
（4）葉枯病， 主要發生于葉部和莖部。 發病初期， 可噴灑等量式波爾多液， 或65％代森鋅可濕性粉劑600倍液， 或50％萊本特可濕性粉劑2000～2500倍液。
（5）灰黴病， 是溫室內栽培金魚草的重要病害。 植株的莖、葉和花皆可受害， 以花為主。 發病初期， 選用70％甲基托布津可濕性粉劑1000倍液， 或50％多菌靈可濕性粉劑800倍液噴霧防治。 每隔10～15天噴1次， 連噴2～3次。
