貯藏百合可採用埋藏法， 也可採用筐（箱）貯藏法。 具體做法是：
1.預冷：貯藏前， 需將百合均勻地鋪在地上攤晾， 以達到散熱的目的。 攤晾時， 堆層高度以2—3只果球高為宜。 攤晾的時間不宜過長， 防止鱗片變色。 預冷後應及時選果， 抓緊貯藏。
2.選果：選擇色白、個大、新鮮、球形圓整、鱗片肥大、不帶鬚根、無鬆動散瓣、棕色瓣的百合果球貯藏。
3.消毒：貯藏用的容器應事先用0.5% 的漂白粉水溶液消毒,曬乾後待用。 所需黃砂要篩去雜質,並經烈日曝曬,曬乾後方可使用。 貯藏室應保持容器整潔,定期消毒,一般每隔兩周用0.3%左右的甲醛與高錳酸鉀薰蒸一次。
4.貯藏：在坑或筐（箱）底先鋪一層約20毫米厚的砂子， 然後按照一層百合一層砂子的順序進行擺放， 頂部用砂子封頂， 不讓百合暴露在空氣中。 這樣百合在砂子中既能降低呼吸的速度、減少養分損失， 又能保持一定的溫度、濕度。
5.翻樁：百合貯藏後,不宜過多翻動,一般隔20—30天抽查一次,抽查時,只需按貯藏時間的先後次序， 先翻動一小堆， 如發現問題再繼續翻， 若沒有發現異常現象， 則及時用砂覆蓋。 如黃砂過濕， 應及時換砂。
