（1）真菌病害 真菌性病害是花卉病害中最主要的一類。 真菌是沒有葉綠素的低等植物， 肉眼看不見。 它不能自造養分， 以菌絲體在花卉體內吸收養料。 真菌孢子借風、雨、昆蟲等四處傳播。 常見花卉真菌性病害有：
白粉病：病菌附生在芽蕾和嫩葉上， 出現白色黴層， 被害葉和梢捲曲萎縮、畸形， 花蕾不能正常開放， 病菌孢子隨氣流傳播蔓延， 晝夜溫差在10℃時最易大面積發作， 溫室內最易蔓延。 如月季、倒掛金鐘、梅花、鳳仙花、瓜葉菊、大麗花白粉病等。
黑斑病：為花卉常見病害， 病害在土壤中潛伏，
黑銹病：病菌孢子侵染， 開始葉片正面出現蒼白色小斑點， 逐漸膨大呈稍圓形突起， 背面表皮破裂生出橙黃色粉末， 隨風飛散， 大面積侵染。 隨後， 在葉片上生暗墨色橢圓斑點， 葉背表皮破裂後， 又生出黑色粉末。 嚴重時， 自下而上全株染病， 葉片焦枯， 提早脫落。 常見的有玫瑰、鳶尾、薔薇黑銹病等。
幼苗立枯病：由鐮刀菌、絲核菌和腐黴引起的幼苗病害， 表現症狀為腐爛、猝倒、立枯等， 以幼苗出土20天內受害最重。
炭疽病：主要為害葉片， 也可為害莖部。 一種是在葉片上， 長出淡褐色或灰白色而邊緣則呈紫褐色或暗褐色的近圓形斑點。 此斑點常發生于葉緣或葉尖， 其上有黑色小點， 即病菌分生孢子盤。 嚴重時使大半葉片枯黑。 如蘭草炭疽病， 也常見於白蘭、橡皮樹、仙客來、繡球等花卉上；另一種是在莖上產生圓形或近圓形的病斑， 呈淡褐色， 其上生黑色小點。 如仙人掌類炭疽病， 黴雨季節或秋雨連綿時， 為類嚴重。 防治法：平日要注意盆花的透光和通風， 不要放置過密。 少量葉片受害時， 可剪除病葉燒毀， 嚴重時可噴射50%多菌靈可濕性粉劑500—花齊放1000倍溶液， 或50%托布津可濕性粉劑500倍溶液， 有較好的防治效果。
煤煙病：為害多種花木的枝葉和果實。 病原為多種真菌。 它們多以蚜蟲或介殼蟲作為傳播的媒介。 初期時表面出現暗褐色黴斑， 逐漸擴大形成黑色煤煙狀黴層， 阻礙植株的光合作用， 使植株無法製造養分而枯萎死亡。 防治法：應首先防治蚜蟲和介殼蟲；如已發生煤煙病， 夏季可用波美0.3度石硫合劑， 冬季用3度、春季用1度的石硫合劑防治；也可用上例中的多菌靈、托布津防治。
此外， 還有根腐病、葉斑病等。
（2）細菌病害 細菌是一種很小的單細胞生物， 沒有營養體和繁殖的分化， 通過細胞膜攝取養分， 以分裂方式進行繁殖。 細菌侵染主要通過氣孔、密腺、傷口等途徑， 一般借流水、風雨、昆蟲、土壤以及病株殘餘體等來傳播。
（3）病毒病害 病毒是一種極微小的寄生物，
用電子顯微鏡才能看見，
病毒只在活的花卉細胞內繁殖。
病毒通過昆蟲（主要是刺吸式口器昆蟲，
如蚜蟲、紅蜘蛛等）、嫁接、機械損傷等途徑傳播。
病狀有花葉、黃化、卷葉、畸形、叢矮、壞死、斑點等。
常見的有月季、海棠的花葉病和鏽果病等。
