大多數金魚從孵化到成魚體色都有所變化, 有些種類到成魚後, 體色還在變化。 初孵出的魚苗體色是無色透明的, 只有很少的黑色素細胞, 以後色素細胞逐漸增多, 頭部和腹部的反光體也顯現出來。 魚苗最早的體色是青灰色, 孵化後約一個月, 鱗片已明顯, 體色開始轉深。 大部分魚的體色是褐色(有一小部分魚的體色轉變為淡紫色, 這部分魚以後是紫色金魚), 再由褐色變為灰色, 由灰色變為黑色。 變為黑色後的這群金魚, 體色變化比較複雜, 它可以分化成幾種顏色。 例如, 有的魚在魚體某些部位脫掉黑色後,
體色發生變化的時間遲早不一, 持續的時間也不一樣。 有的種類五六十天開始變化, 有的種類幾個月才開始變色;個別種類甚至一年。 金魚變色的快慢、色澤的好壞, 和水溫、水質、光照、營養等有關係。 例如, 水溫高, 變色快, 水溫低, 變色慢;長期生活在濃綠色水質的金魚, 變色遲, 但變色後體色特別濃豔;養在清澈水中的金魚,