在珊瑚缸使用臭氧的入門是從一個普通的水族館氣泵開始。 空氣經氣泵泵出而進入一個吸濕器具。 吸濕器具中的吸濕物料可吸取去空氣中的濕氣,並不是每一個使用臭氧的朋友也這樣做。 事實上,這樣做對當空氣進入下個階段時至少有二個好處。 下個階段是制臭氧的一個小臭氧機。 一般的臭氧機是透過高壓電將通過的氧氣分子分開,當他們再結合時,一些臭氧(O3)就會被形成(另一種較沒那麼有效的制臭氧的方法,就是讓空氣或水通過紫外光完成同樣過程)。
當制做的臭氧通過臭氧機後,它通常被送入某一類混合好珊瑚缸水和氣體的器具中,並且保留在器具中至少幾秒鐘。 一般使用臭氧的朋友會選擇使用蛋白質分離器或特別制的臭氧反應器,在選擇適當的物料是非常重要的,因為臭氧能剝蝕一些類型塑膠,橡膠料和喉管。 面對臭氧使用的多與少,可是各有建議。 許多臭氧機製造商建議使用大約0.3到0.5毫克小時每加侖珊瑚缸水(mg/hr),但許多使用臭氧的朋友會選擇用少於製造商建議的,或不作繼續的全時間使用。
在混合珊瑚缸水和臭氧的器具裡面,臭氧會對海水裡不同的化學物起反應,包括有機物,氨,鋼和其它金屬,溴化物和碘化物。 臭氧也許會與流入混合器具裡的病毒,細菌,和其它有機體起反應。 臭氧在海水裡僅僅存在幾秒鐘,但它留下其它易引起反應的氧化劑(OPO叫做臭氧所產生的氧化劑;例如, hypobromous acid, BrOH)。 這些氧化劑將可與有機物和其它物質進一步起反應,因而是有潛在毒性的,所以這些氧化劑是需要在流回主缸前被除去。
當水流出混合器具後,流入裝充足去除殘餘氧化劑OPO數量的活性碳的反應器,這是最理想的做法。 活性碳通過催化同非催化作用分解氧化劑,預防氧化劑流回主缸。 從混合器具流出的空氣也應通過活性碳,用以去除包含在空氣中有毒的臭氧。
為了保證沒有許多的臭氧流入主缸,使用臭氧的朋友應該監測水中的ORP (氧化增減潛力)。 對只使用少量臭氧的朋友,適合使用ORP監測器。 但是對使用大量臭氧的朋友, ORP監控器極其重要。 如果水中的ORP上升到一預定的數值, ORP監控器能自動關閉臭氧機。