去碳、去氮:如芽孢桿菌、假單孢菌等複合菌有去除水中的碳、氮、磷系化合物的能力, 並有轉化硫、鐵、汞、砷等有害物質的功能。
殺滅病毒:如枯草桿菌、綠濃桿菌具有分解病毒外殼的酶的功能而殺滅病毒。
降解魚藥或魚藥的殘留毒性:如假單孢菌、放線菌、真菌有降解轉化殘留的化學魚藥的功能。
絮凝作用:如芽孢桿菌、氣桿菌、黃杆桿菌等有生物絮凝作用。 可以將水體中的有機碎屑結合成絮狀體, 使重金屬離子沉澱, 很容易被篩檢程式截流而移出系統外,
反硝化作用:如芽孢桿菌、短桿菌、假單孢菌都是好氧菌和兼性厭氧菌, 在供氧不充分的時間與空間, 可以起反硝化作用, 將硝酸鹽移出系統外, 提高pH值。
消解污泥:硝化細菌可以使有機污泥消解。
海淡均益:許多微生物在海、淡水中均能生存, 有無鹽分消解對它們沒有多大影響。
徹底淨化:這種複合菌能利用水中濃度極低的營養物質, 把NH3-N, NO3-N降至零。
適高濃度:這種複合菌適合低濃度污水也適合高濃度污水, 都能淨化水體。