1、骨胳 金魚與鯽魚同屬， 所以均具有脊椎動物的特點， 有骨胳其主軸骨胳包括頭骨、脊椎骨和肋骨；附肢骨胳包括鰭條骨和肩帶骨。 不過金魚椎骨因品種不同， 所以脊椎骨數量不一， 一般在23－30個之間， 它比鯽魚脊椎骨要少3－9個， 而且金魚的頭骨逐步從扁狹型發生了變異， 成為今天的圓桶型、平寬型、尖頭型。 對於金魚能自由自在地在水中活動， 這也和鯽魚一樣， 分別由頭部肌， 軀幹肌和肢部肌附著骨胳， 在神經系統的支配下進行左右交替的伸縮， 帶動周身骨骼，
2、臟腑 金魚的臟腑有心臟、脾臟、肝臟、腎臟、鰾、食道、胃、大腸、肛門、鰓、輸精（卵）管、生殖腺、輸尿管。
（1）金魚的心臟由靜脈竇、心耳和心室三部分組成， 位於頭與軀幹交界處附近的腹面， 鰓和肝之間的圍心腔裡， 它是血液迴圈的主要臟器。
（2）脾臟具有造血功能， 位於消化道的背面， 它是白血球的製造者， 又是清除失去功能的紅血球的清道夫。 在金魚的血液中， 紅血球的數量遠遠超過白血球數量， 有時紅血球是白血球的幾十甚至幾百倍。
（3）金魚的血液循環系統還包含淋巴系統， 它擔負著運輸營養和清除廢物的任務。
（4）金魚的消化系統 金魚攝食後， 經過口腔、咽喉、咽頭齒、食道腸道、膽囊、肝臟， 胰臟的協同作用完成消化吸收， 最後經肛門排出廢物。 同時， 肝臟在消化系統中有貯藏養分和解除體內毒素的功能。
（5）金魚沒有單獨的胃、所謂的胃， 實際上是食道與前腸連接的膨大部分， 它沒有明顯的消化功能， 僅能存留食物。
（6）金魚的鰓是呼吸系統的主體， 它由鰓弓、鰓絲組成， 金魚靠它從水中吸取氧氣和排出二氧化碳。
（7）金魚的鰾是調節魚體平衡的主要器官， 是否參與呼吸作用，
（8）金魚的中樞神經系統由腦和脊髓構成， 腦神經和脊神經構成週邊神經系統及交感神經系統共同作用完成金魚的覓食、消化、呼吸和逃避敵害等一切活動。
（9）金魚的感覺系統與神經系統連接緊密， 是神經系統的週邊器官。 包括感覺器官、嗅覺器官、味覺器官、視覺器官和聽覺器官。
（10）金魚的排泄系統和生殖系統關係密切， 它們來源一致， 位置接近， 有共同的管道。 排泄系統由腎臟、輸尿管、膀胱、尿道、尿殖竇組成；生殖系統由生殖腺和生殖導管組成。 金魚的生殖腺是雌雄異體， 雌魚生殖腺是卵巢， 雄魚生殖腺為精巢。
（11）金魚的內分泌系統 內分泌器官是無管的腺體， 可以分泌各種激素， 對魚體的生理活動起到協調和控制作用。
