在水族缸中, 氨的累積濃度與養魚數量成正比, 與水量成反比。 因此養魚數量越少, 水量越多, 氨的累積濃度一定較低。 若明白這道理, 我們也可以一邊養魚, 一邊進行硝化系統之建立。 此種從養魚過程中建立硝化系統, 可稱得上是最自然的建立方法。
本法為在一定水量中, 利用對養魚數量的控制, 使氨的累積濃度不足以達到危害魚類的程度, 但仍能夠作為有效培養硝化細菌的能源。 在實際操作時, 必須將欲飼養的魚類分成若干階段放養, 使每階段在放養期間,
具體的作法如下:假設在一定量水體中魚類合理的飼養量是12只, 我們可以考慮在45天以內分三批放養(因硝化系統之自然建立通常約需要45天左右的時間)。 例如, 每個隔約15天放養一批。 第一批只放養二隻, 第二批放養5只, 第三批放養7只。 在放養期間, 餵食一切正常, 不必減量餵食, 但仍需定期局部換水, 同時最好再配合氨及亞硝酸鹽的檢測。 在這過程中, 可以不必添加任何硝化細菌製劑(硝化細菌會自生)。