「養魚先養水、養水先養菌（硝化細菌）」這是在未養魚之前先建立硝化系統的主要憑藉。 由於硝化細菌是一種「自營性生物」（水草也是）， 所以必須針對它營養的需求， 提供必要的無機養分， 才能讓它有成長及繁殖之機會。
硝化細菌就如同水草一般， 可以將二氧化碳與水合成有機物， 所不同的是， 水草系利用「光能」來進行這反應， 而硝化細菌則是利用氨或亞硝酸鹽氧化所獲得之「化學能」來進行這反應。 除此之外， 硝化細菌也像水草一樣， 必須吸收無機養分才能正常成長及繁衍， 而且二者的必要養分幾乎完全相同。
具體的作法如下：取適量的銨鹽（例如硫酸銨）溶于缸水中， 最好能控制總氨量約200 ppm（只是建議量， 因為在這濃度之下， 休眠菌較能快速活化， 以及較能確保硝化細菌有足夠的繁殖數量）， 再添加適量的水草液肥（需含有磷的成分）， 然後加入適量的硝化細菌製劑（最好是活菌）， 不定期調節pH值， 使pH經常保持為弱鹼性（使用小蘇打調節最理想， 亦可兼作為碳源）。 養菌期間， 過濾作業系統必須保持24小時的啟動狀態， 但不換水。 一星期之後， 開始定期（如每隔2-3天）測試總氨量、亞硝酸鹽， 以及硝酸鹽的濃度各一次，
