魚放入箱後, 在水質狀態良好的情況下, 或多或少會生長一些綠藻。 這沒關係, 不必擔心, 只是這種藻不容易去除, 可用刀片刮除。 當硝酸鹽濃度升高或pH值下降時, 在海水水族箱中最容易滋生紅黑色或綠色的稍帶粘稠感的海藻。 我們可以用手將這種藻去除, 但如果不將根本原因除去, 這種藻很快又會滋生。
剛剛裝設水族箱時, 最容易長一種茶色的藻(矽藻類), 常覆蓋在玻璃表面或珊瑚上。 我們用布或海綿可以輕易地擦去這種藻。 珊瑚要取出用漂白粉洗, 待水除去氯氣後再放回水族箱。
絲狀的藻類最常出現在水質惡化的無脊椎動物的水族箱裡, 這說明水族箱中硝酸鹽濃度升高, 可以在換水時用手除去絲狀藻。