完整的生化過濾系統不僅能去除水中懸浮物及多餘的藻類，
還能通過濾材上的生化細菌分解水中對錦鯉有害的物質，
如氨氮、亞硝酸鹽等，
使之轉化成對魚無害的物質。
錦鯉養殖用水質過濾分為物理過濾、化學過濾、生化過濾和植物過濾。
(1)物理過濾 是利用各種過濾材料或輔助劑將水中的塵埃、膠狀物、懸浮物、樹葉等除去，
保持水的透明度。
比較傳統而簡便的方法是用砂、石粒使水滲透，
以除去肉眼可見的懸浮物。
同時它具有物理過濾與生化過濾雙重作用。
(2)化學過濾 是利用濾材將溶解于水中有害魚類的各種離子化合物或臭氣等， 以吸收法除去的過濾方法。 常用的濾材有活性炭、麥飯石、磷石， 以及離子交換樹脂等。
(3)生化過濾 就是利用附著於濾材上的生化細菌， 將魚的排出物(如糞尿)、殘餘餌料及所產生的含氮有機物或氨等加以氧化處理的方法。 它是整個魚池過濾系統中最重要的一環。 常用的濾材有毛刷、纖維棉、生化絲及生化球等。 在清洗或消毒過濾槽時， 不要衝掉或殺死這些細菌。
(4)植物過濾利用水中植物吸收水中有害因數的方法。 一般可利用的水中植物有浮萍、石菖蒲等， 它們根系發達， 除了有植物過濾的作用外， 還能吸收水中鐵離子及農藥。
