孵化後的仔魚飼養20天至1個月, 魚體長到3cm左右時, 就要開始進行挑選, 挑選是去劣留優, 強化生長速度, 以達到保護跗性狀的目的, 因此, 挑選幼魚是飼養過程中獲得優質錦鯉最重要的1個環節, 一般挑選工作是在孵化後的3個多月期間內進行3-4次挑選。 挑選因品種的不同, 生長速度的快慢和出現斑紋的早晚而挑選的時間也有差異, 例如:昭和三色錦鯉是在孵化兩個多星期時進行挑選;黃金系統錦鯉則為50天開始挑選;而紅白系和大正三色系統的錦鯉, 為60天左右開始挑選。
錦鯉在餵養過程中淘汰率較高, 若1尾親魚一般產卵20萬-40萬粒, 孵化後經過數次挑選, 最後只能留下約 5000尾大魚, 據有關資料介紹, 親魚產卵10萬粒, 經4-5日孵化後, 獲仔魚6萬-7萬尾;再經20天的餵養可獲體長2cm的幼魚3萬尾;至7月份經第一次挑選, 又一次雖去弱, 只留下約1.6萬尾;再經第二次挑選或日常餵養中的淘汰, 則只能留下5470尾魚;至11月越冬時, 只有魚3600尾。