硫化細菌:在魚的食物殘餌、糞便以及水草殘片中還含有硫, 硫會產生具有臭雞蛋味的硫化物, 在氧氣充足的條件下, 硫化細菌會將這些硫化物氧化成硫酸鹽、水和自身能量;在缺氧條件下, 厭氧菌會將硫化物轉變成有毒的硫化氫氣體。 因此保持水族箱內充足的氧氣和適時添加硫化細菌製劑是十分重要的。
積磷菌在繁殖後代之前, 需要在體內積聚大量的磷作為能源, 這樣水體中的磷就轉移到了積磷菌體內, 當水體環境缺氧時, 處於壓抑狀態的積磷菌會將體內的磷重新再釋放到水中。
還有厭氧濾器中繁殖有厭氧細菌, 厭氧細菌的產物有毒害作用, 且有臭味, 加之硫化氫和鐵鹽的作用, 使水色變黑, 所以應該及時排除和更換厭氧濾器中的沉澱水。 厭氧濾器可讓積磷菌在這裡排磷, 也可以進行反硝化作用, 進行脫氮反應。