值得注意的是， 如果為了治療魚病加入化學治療劑而傷到硝化細菌， 使硝化細菌的數量減少， 很可能也會引起新池症後群的症狀， 因為養殖池中的氨在魚病治療後又會像新池一般被逐漸累積下來， 必須等到硝化細菌長到原來的數量之後， 這種危機才會獲得抒解。
對硝化細菌來說所謂的抑制劑（inhibitor）是指能延滯或阻止硝化細菌發生硝化作用的物質。 養殖池中的抑制劑主要是一些用於治療魚病的化學治療劑（chemotherapeutic agent）， 當它們被加入養殖池後， 可能會使活在養殖池內的細菌受到傷害，
由於化學治療劑會危及硝化細菌的安全， 因此在添加時必須特別小心， 以免硝化細菌受到嚴重的傷害， 而間接影響硝化作用的效率。 化學治療劑的種類很多， 而且各具有獨特的性質， 為適應使用的目的不同， 應選擇適合的藥劑， 如果選擇不當， 不僅得不到預期的良好效果， 反而遭受到藥害、減產時損失。
為了協助水產養殖業者對化學治療劑能有更妥善的選擇， 某些研究學者曾取若干普通的藥劑之成份用於作硝化細菌的危害測試， 並獲得一些具體的結果。 從這項研究中， 我們發現亞硝酸菌及硝酸菌對藥劑的敏感性並不完全相， 即有些成份對一種菌有害，
舉例來說， 氯酸鈉（NaClO3）就對硝酸菌具有選擇性的抑制作用（selective inhibition）， 但對亞硝酸菌卻沒有明顯的影響（Belser and Mays， 1980）。 2-丙烯基硫（2-propenyl-thiourea）對亞硝酸菌有害， 但對硝酸菌則無顯著之傷害（Hooper and Terry， 1973）。 次氯酸鹽（ClO2－）對兩者都有強烈的抑制性（Hynes and Knowle， 1983）。 這些成份可能存在於一般化學治療劑中， 通常只要依照藥劑的標準施用量， 其濃度就足以對硝化作用產生抑制現象。
硝化細菌所面臨的抑制劑除了來自於外加的化學治療劑外， 有時也來自於細菌所產生的代謝廢物。 這些廢物如果在水中的濃度偏高， 同樣會對硝化作用產生抑制現象。 最有趣的例子就是氨及亞硝酸。 分子性的氨是亞硝酸菌的食物， 但如果它的濃度大於或等於10～150ppm就可能會抑制亞硝酸菌的硝化作用（Antho-nisen et al.，
