一般來說, 對於已經感染了寄生蟲病的病畜, 或是正在經歷著使用免病抑制劑的治療過程的病畜, 防疫注射是屬於禁忌的。 至於幼仔, 在對其進行任何防疫注射之前, 要喂給驅蠕蟲劑加以預處理。 此外, 緩和性的(稀釋的)防疫注射對於懷孕母畜也要禁忌。 因為, 除非有相反的證據, 人們認為這種藥會引起幼胎的畸變。
經常出家門遊歷的寵物, 通過與別的寵物或別的混雜地區的接觸, 有著罹患傳染病的較高危險性。 因此, 對其給以預防注射始終是更重要的措施。 然而, 卻不可設想家裡養的戶內寵物,
防疫注射的需要性難於確定的原因之一, 就是某些傳染病會有一個無症狀階段, 在該階段已感染寵物可能不會顯出任何受感染的臨床症狀, 甚至當獸醫對其進行檢查時也是這樣, 但是它卻仍能傳染與其接觸的其他寵物;一隻患有諸如鼻炎和衣原體病的寵物可能表現出已被治癒,
其他的傳染病病情發展緩慢, 已受感染的寵物的表現似乎健康狀況良好, 但在實際上純粹是由於處在這種病的無症狀階段, 如果不採取專門對口的檢查實驗來鑒別特定的疾病, 這只寵物就不能被診斷病情並且還將致病危機帶到別的寵物身上。 所有這些可能傳染病的機會, 論證表明了保證給寵物進行防疫注射的好處。
當一隻寵物經過了防疫注射, 獸醫就會在該寵物的防疫注射記錄上記錄注明類別方法、日期和防疫注射批號,