在自然界中, 能有效降解水體中碳、氮、磷、硫系污染物的高效菌株生長在土壤中, 因為那裡有它們所需要的氮、磷、鉀及其他必需的營養元素。 而自然界的海、淡水原來未受污染, 缺乏這些營養元素, 就很少有這些細菌生長, 對水體來說, 它們都是外來菌, 如氨化細菌、硝化細菌、反硝化細菌、固氮菌和纖維素分解菌, 大多是好氧和兼性厭氧菌。
從自然界嚴格分離篩選出的多種高效廣普微生物, 再經過互補、共生機制培育, 是淨水功能倍增。 把它接種到生物包上, 由於微生物之間的共生、競爭、排斥、偏害、拮抗,
也可採取先將原來土著微生物全部殺滅, 3天后再加接外來有益菌群。 這類微生物已廣泛運用於水族館、工業化育苗廠、豪華型水族館。
水族館、養魚廠等人造水體可以做到無土著菌, 而把外來有意淨水菌培養成那裡的土著菌。 一旦它們成為人造水體的當家菌和物質迴圈的主要微生物, 就能使人造水體維持生態平衡, 養魚就可以終年不換水, 不用藥。
淨水外來菌主要是芽孢桿菌。 它是土壤中的優勢種群。