1:去碳去氮
如芽孢桿菌、堿桿菌屬、假單胞菌、黃桿菌等複合菌有去除水中的碳、氮、磷系化合物的能力, 並有轉化硫、鐵、汞、砷等有害物質的功能。
2:殺滅病毒
如枯草桿菌、綠膿桿菌具有分解病毒外殼酶的功能而殺滅病毒。
3:降解魚藥的毒性
如假單胞菌、節桿菌、放線菌、真菌有降解轉化殘留化學魚藥的功能。
4:絮凝作用
如芽孢桿菌、產氣桿菌、產堿桿菌、黃杆桿菌等有生物絮凝作用, 可以將水體中的有機碎屑結合成絮狀體, 使重金屬離子沉澱, 很容易被篩檢程式截流而移出系統外,
5:反硝化作用
如芽孢桿菌、短桿菌、假單胞菌都是好氧菌和兼性厭氧菌, 以分子氧作最終電子載體, 在供氧不充分的時間與空間, 可以利用硝酸鹽為最終電子載體, 起反硝化作用, 將硝酸鹽移出系統外, 提高PH值。
6:徹底淨化
這種複合菌能利用水中濃度極低的營養物質,
在水中硝酸鹽、葡萄糖僅為1-10毫克/升時,
這些水生細菌仍能利用和耗盡它,
把氮和氨的濃度降至為0。