第一次挑選:在仔魚孵出後的20—30天內, 當幼魚長到3cm左右開始。 主要是選留體質健壯、活力強, 品種特徵明顯的個體, 對於其他個體淘汰掉。 但因品種不同, 第一挑選時間也有差別, 一般:昭和三色錦鯉約在孵化後15天左右開始挑選, 黃金類錦鯉則從孵化後50天左右開始, 紅白系列和大正三色系列的錦鯉從孵出後60天左右開始。
第二次挑選:在第一次挑選後20天左右開始。 選擇標準為鰭形的好壞, 色彩鮮豔與否, 圖案斑紋是否清晰, 品種特徵是否明顯等等。
第三次第四次挑選的時間與準則基本與第二次相同。