水草在購入植入缸中前， 大多數屬於陸上水型的栽植， 因此在購買後， 需要作一些處理， 才可入缸， 而其中最重要的就是消毒工作， 以消滅附著水草之枝葉或根部的藻類、病原菌、寄生蟲、水蛭、蝸牛、白線蟲等。
消毒缸的水溫可提高至２８℃（待消毒工作完畢，
再慢慢調整至22～24℃），
以加速藻類孢仔的孵化，
縮短消毒日數。
消毒方法：
A：硫酸銅
消毒液浸10分鐘後， 在流動的清水中清洗一小時， 每日一次， 連續三天。 硫酸銅30g沖泡10公升水， 即為硫酸銅消毒液。 使用後可裝瓶密封， 保存續用。 消毒工作時， 請戴手套以免毒液進入毛細孔，
B：過氧化氫（雙氧水）：
將雙氧水以噴霧器噴霧全株(含根部)， 噴透至發泡滴水為止， 然後再以清水噴霧清洗藥水， 再浸入流水中十分鐘。
C：稀濃度漂白水
浸泡五秒鐘後以清水沖洗漂白水， 再浸入流水中漂浮片刻。 如此反復三次。 (本法限有莖水草適用）
D：高錳酸鉀
高錳酸鉀10g沖泡10公升水， 將水草浸入該消毒液中10分鐘後取出， 並以清水清洗。
E：甲基藍
甲基藍5g沖泡10公升水後， 水草浸入10鐘後取出， 徹底的在流動(繼續將新水注入)水中漂洗一小時， 否則葉片較薄的水草葉片， 則會染上淺藍色的小點。
以上方法不一定全部使用， 但最好使用多種方法消毒效果更好。
