在自然界中的水不停的流動也就不斷補充水草生長所需要的CO2、氧氣及養分， 另外透過環境中的微生物分解淨化， 隨時都能保持晶瑩剔透。 水草缸是一個封閉的空間， 因此水質的淨化需要靠篩檢程式輔助， 並提供草缸中水的迴圈。
在過濾設備的選擇及使用上， 須注意以下兩點：
（1）選擇篩檢程式必須瞭解過濾面積是否足夠？濾材是否適用於水草缸？是否能有利於有益微生物的著床與繁殖？
（2）採用傳統的上部過濾系統， 會造成水中CO2容易逸散濃度不足及pH值上升等問題，
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