水中的生物代謝產生了有機廢物和無機廢物, 還有水體外界帶入的灰塵和其他垃圾(如落葉等)。 可分為有機污染源(影響美觀)和無機污染源(影響水的酸鹼度和硬度)。
有機廢物:主要是糞便、死亡的水生動植物屍體、落葉,
還包括微量的細菌的屍體、尿液中的有機物、從空氣中落入的孢子等。
有機廢物本身在水中本來對水體的水質影響不大,
主要是使水變得比較多較大的固體顆粒物,
影響美感。
無機廢物:主要是代謝過程中產生的無機鹽類和空氣中的灰塵,
對水質的酸鹼度和硬度有一定的影響。
水質惡化主要原因:
有機廢物被消化細菌分解成毒性較強的氨。
氨在水中化合成毒性較強的銨。
隨著銨濃度的增加,
水會發臭甚至刺鼻,
對水中的動物有致命的影響。
有機廢物還是很多至病菌類的溫床,
很多至病菌類都以有機廢物來繁殖生長的,
這些至病菌類的濃度增加到一定程度將使水生生物患病以至死亡。
無機廢物中也有帶毒性的鹽類, 在分解有機廢物的時候會有大量無機廢物(亞硝酸鹽等)產生, 他們會對水中的生物帶來危害。 即使一些不帶毒性的無機鹽類, 也會隨著在水中的濃度增加而導致水的酸鹼度和硬度變得無法讓生物在其中生活。