在水族界中常聽到的“硝化菌”一詞， 乃是狹義的指微生物各項功能中對於硝酸系列的硝化作用， 而忽略了其他各項功能的微生物。 將纖維素等化合中的水氧基， 以硝酸機制換為硝酸酯， 而硝化菌就是將阿摩尼亞經由亞硝酸， 氧化為硝酸的反應稱為硝化作用。
EM以生成抗氧化物質進行中繁殖， 同時接連不斷的分解有機物而不釋出人們討厭的臭氣， 將物廢物分解且形成回歸自然的有用元素。 其功能與ＰＭ相反。 生物體所含物質（糖、蛋白質、脂肪等）、殘餌、殘葉等在水中少部分由生物代謝外，
水族缸的水質惡化， 大多歸咎於投餌過多沉澱腐爛， 或魚只糞便未予吸出換水等， 導致浮游生物、有害微生物（含病源體）異常繁殖， 以致浮游水中的藻類光合作用及厭氧性細菌繁殖， 進而演變成危害缸中魚蝦的氨、亞硝酸、硫化氫等濃度增加。 當水質惡化時， 不能依賴藥物控制抵銷， 因使用藥物反而破壞水缸的生態平衡。 水缸中擔任分解過濾的微生物， 可分為兩大類：*氧氣生存的嗜氧性微生物， 與不需氧氣的厭氧性微生物。 硝化菌屬於嗜氧性的微生物， 以利用氧氣將對魚蝦有害的阿摩尼亞、亞硝酸予以氧化轉換為無毒的硝酸鹽。
EM的功能：
有益微生物除上述的功能外， 還有其他的許多功能， 以下將介紹水缸中常使用的微生物
