複合微生物製劑是近年來國內外興起的一類新產品, 其特點是通過複合兩種(類)或兩種(類)以上的微生物菌種, 加以組合而製成的製劑。 由於水質污染問題非單一種類微生物所能徹底解決的, 因此使用複合製劑將具有更強大的分解有機汙物能力, 而能產生更有效率的淨水作用, 是目前微生物製劑中最理想的產品。
目前利用急速冷凍的乾燥方法, 已經能成功地把兩類不互相隸屬的微生物製成複合製劑。 例如, 本所的「速可淨」產品, 就是利用此種方法, 由具有強力分解能力的好氣異營性細菌與硝化細菌的乾燥菌株,
另外, 利用各種細菌的孢子, 混合於稀釋劑中, 亦可製成同時具有好氣、兼氣及厭氣性複合製劑。 使得不同呼吸種類的菌株, 能同時進入水體內, 在不同環境中各自發揮特有的淨水作用。 它們在製劑中雖然處於休眠狀態, 但投入養殖水體後, 能立即活化並迅速發揮作用及繁殖成優勢種群, 因而能表現出更強而有力的淨水功能, 目前已應用或開發中的產品不少, 對改善水產養殖生態環境有不小的助益。 這類產品以粉末製劑為主, 在水族界也有廣泛應用。