1.紅藻類
紅藻(包括刷狀藻和須狀藻等)對水草的破壞性較大。 其特點喜于明亮場所滋生, 所以玻璃壁和沙礫上都附生著紅藻類, 嚴重時有礙於觀賞。 須狀藻為害水草時, 則呈捲曲狀附著于葉的尖端;而刷狀藻在水草葉面、莖及根上長出厚密的刷狀物, 類似於陸地上的草坪。
2。 綠藻類
綠藻的種類很多, 有絲狀的, 也有斑點狀的。 絲狀藻類一般附著水草而生;斑點狀藻卻附在玻璃壁或水榕類等水草葉面上。 若絲狀藻附著在鹿角苔等水草上, 則很難除淨。
3.藍藻類
藍藻是一種危險性的藻類, 很容易發生在初設的水箱內。