活性碳的效率需視很多的因素而定, 水族箱的設缸時間越短, 活性炭更換次數就需越頻繁(約一個月一次), 設缸時間越久的水族箱, 活性炭在水族箱中的有效時間就越久(約四個月以上)。
活性炭最好是放在網袋中然後再將它系緊固定。 裝滿活性炭的袋子可以放在外部的篩檢程式中, 或放在滴流式篩檢程式的水槽中。 必要時, 可以強迫全部的水流通過活性炭, 但在某種情況下這會增加篩檢程式運轉的阻力並減低其效用。
然而因為活性炭的作用非常的慢, 所以建議採用部分的水流通過活性炭篩檢程式即可,
因此活性炭過濾材料會隨著時間, 由化學的過濾性質轉變為生物的過濾性質。 此外, 活性炭過濾材料在水族箱中還有另一種作用。 即在使用臭氧機時, 必須先將含有臭氧的水流, 經過活性炭過濾一遍, 以確定過濾過的水沒有任何臭氧存在。