新捕捉或空運回來的魚類， 如未經隔離， 很容易把寄生蟲、黴菌等帶入水族箱中， 檢疫是防止新魚把病菌帶入水族箱的唯一方法。 檢疫的作用是用一連串的觀察， 操作以及適當的藥物， 達到去除病原體的目的， 預防疾病。
檢疫方法1
設幾個小水族箱， 專供海水觀賞魚檢疫用， 容量40～60升不等， 按魚類的大小和數量而定， 這種水族箱要裝配外部篩檢程式（當使用藥物時， 篩檢程式中不要用活性碳或樹脂）， 要安裝充氧設備和加熱管， 箱底放些珊瑚和石頭作為魚隱蔽之處。
檢疫方法2
把新的魚隔離兩個星期， 第一個星期是決定魚的好與壞， 生與死的關鍵， 所有的新魚均需隔離檢疫， 防止把病原體帶入健康魚的水族箱中， 隔離還可以使新魚適應環境。
檢疫方法3
當魚類放入檢疫水族箱時， 要注意觀察：
（1）魚有沒有受傷，
瘀血和松鰭的情況；
（2）有沒有呼吸急促，
不斷地把魚體向石塊上磨擦，
或呈現明顯的白點等現象；
（3）皮膚上有沒有灰白色的薄紗狀東西出現；
（4）眼睛上有沒有白色臘；
（5）魚是不是喜歡在水面停留。
檢疫方法4
檢疫通常採用硫酸銅、甲醛（福馬林）， 以防止小白點和大白點病， 清除魚體上的寄生蟲和橈足類。 每天檢查藥的濃度（0.25%～0.30%）以便隨時調整， 儘量在10天內保持一定的濃度。 硫酸銅可與37%甲醛或亞甲基藍合用，
檢疫方法5
加入馬蘇定， 對甲殼類感梁病療效顯著， 濃度是每一kg水加入0.75克馬蘇定。
檢疫方法6
不要亂用抗生素， 當魚有病時， 要對症下藥， 否則會造成抗藥性病菌。 新魚有明顯的外傷和細菌感染， 應該使用抗生素呋喃唑酮等。
我們應該熟悉魚類的習性， 觀察魚在檢疫期的行為。 新魚如在兩星期內情況良好， 便可加入到水族箱內觀賞。 當一批魚正接受檢疫進， 不要臨時再加入新魚在同一個檢疫水族箱中檢疫。
