蘇格蘭折耳貓的祖先是農場貓， 它繼承了祖先的勤勞， 它有很強的環境適應能力， 同時它的抗病性也較強。 但是由於體內生長基因的變化和遺傳學等問題， 都可能會導致蘇格蘭折耳貓出現遺傳疾病。
一、體質較弱
父輩們的身體就嬌弱，
因此受到遺傳的影響，
誕生的下一代折耳貓身體也會非常的虛弱。
病貓的體型及體重只有正常貓的2/3，
同時由於抵抗力弱就更易感染貓瘟，
皮膚病，
過敏等後天產生的疾病了。
二、呼吸系統毛病
由於骨骼病變的基因，
除了影響手腳的骨骼外，
也會影響貓咪身體其它部分軟骨組織發育異常。
較常見的是呼吸管道收窄引起呼吸不順暢，
嚴重者需要以外科手術來擴寬呼吸管道。
此外會有噴鼻血的問題，
不過成因暫時未明因此沒有方法可以進行有效的醫治。
三、 心臟病
心肌肥大症也是常見於折耳貓身上，
不過一般是很難發現，
四、骨骼遺傳病
1.四肢關節腫脹，
指甲生長異常。
2.後肢過短，
有不尋常的彎曲、增生物或腫塊。
3.尾巴又粗又短、僵硬、不能屈曲，
有些病貓的尾巴是不能擺動的。
4.後腳掌異常肥厚，
若細心觀察，
當貓咪坐直時，
後腳掌的枕肉是觸不到地面的。
對蘇格蘭折耳貓的遺傳病， 有些目前還沒有有效的治療方法。 因此， 為了減少遺傳病對折耳貓的傷害， 在配種繁殖的時候就要進行嚴格的篩選和把關， 讓新誕生的蘇格蘭折耳貓都有一個強健的體魄， 可以成長為美麗迷人的貓咪。
