取自天然水域中的水草，
或經過長途運輸的水草，
先摘掉枯萎莖葉。
為防止帶入病原微生物和蟲卵，
應先以清水漂洗，
洗淨根部污泥，
並進行消毒處理。
水草的消毒處理方法主要有以下幾種：
(1)自來水消毒 自來水通常含有大量的氯元素，
對附著在水草上的病原菌具有一定的殺滅效果，
但不能殺死抵抗力較強的細菌或夾在水草植物體內的寄生蟲、水螺等。
(2)食鹽水消毒 將水草浸泡在3％～5％的食鹽水溶液中， 10秒鐘後立即取出， 用潔淨自來水沖洗乾淨。 嚴格掌握消毒時間。 時間太久， 會引起水草組織失水而導致水草腐爛、萎縮甚至死亡；時間不足，
單易行， 實用有效。
(3)碘伏消毒 將水草浸入20毫克／升的碘伏溶液中消毒10分鐘後取出，
用自來水沖洗乾淨。
碘伏是強氧化劑，
具有較強的殺菌和殺蟲力，
基本上能殺滅大部分病原菌和寄生蟲。
但該溶液宜現配現用，
不能在陽光直射下使用，
也不宜連續使用。
(4)硫酸銅或銅鐵合劑消毒 將水草用0.7毫克／升硫酸銅或銅鐵合劑(硫酸銅與硫酸亞鐵合劑，
兩者比例為5：2)溶液浸泡10分鐘，
再用清水洗淨。
這兩種溶液殺菌力強，
並具有可以連續利用的優點。
(5)亞甲基藍消毒 用0.4％亞甲基藍溶液浸泡10分鐘， 再用清水洗淨。
