水草經過消毒之後, 為了使種植後的水草能夠順利成長, 以及避免將藻類引進水族缸, 必須事先給予妥善的修剪。 尤其是有一些著生的藻類, 往往不易使用手指尖或鑷子去除, 此時最好使用剪刀把整片葉子剪去, 甚至於在不得已的情況下, 剪去所有的葉片, 只保留一截短莖或葉柄及根部就好, 而讓它在水族缸重新發芽生長。 對於老葉、有破損的葉, 以及傷葉、傷枝及不希望保留的葉, 都可以剪去, 儘管留下來的葉片也許不多, 但新葉將很快就可以長出來, 同時未來應該都能長得碩大而且美麗。
凡是無莖的根生水草, 都要把大部分的鬚根剪掉。 能不容易把它的莖節栽入砂層中。 凡是無莖的根生水草, 都要把大部分的鬚根剪掉,因為大部分的根都會枯萎而長出新根。 另外, 某些蓮座生的無莖水草, 如皇冠草, 其根部經過修剪後, 在種植時, 也較為便利。