1．紅藻類
紅藻（包括刷狀藻和須狀藻等）對水草的破壞性較大。
紅藻在明亮場所滋生，
所以玻璃壁和砂礫上都會附生紅藻，
嚴重時有礙觀賞。
須狀藻為害水草時，
則呈捲曲狀附著于葉的尖端；須狀藻在水草葉面、莖及根上長出厚密的刷狀物，
類似於陸地上的草坪。
2．綠藻類
綠藻的種類很多，
有絲狀的，
也有斑點狀的。
絲狀藻類一般附著水草而生；斑點狀藻附在玻璃壁或水榕類等水草葉面上。
若絲狀藻附著在鹿角苔等水草上，
則很難除淨。
3．藍藻類
藍藻是一種危險性的藻類， 很容易發生在初設的容器內。
4．褐藻類
褐藻多發生在初用的水箱裡，
水中硝酸鹽含量高時也有褐藻發生。
此藻一般呈茶褐色的薄膜狀附生於葉面或玻璃壁上，
用手指輕輕一擦，
立即脫落。
發生的原因主要是光線不足，
水草的光合作用也不佳，
以及水中含氧量過低等因素，
導致此藻為害。
當水草生長旺盛，
環境趨於穩定時，
此藻也隨之消盡。
5．毛藻類
這是一種附著在水草葉片的周邊、流木以及岩石上， 長約5釐米， 呈刷子狀的苔， 一般是為黑褐色， 不過有時候也會有綠色或灰色的。 附著在岩石上時， 可用毛刷使勁刷洗掉， 但如果附著在水草（尤以水榕和椒草等葉子堅硬的種類最易被附著）上，
6．絲狀藻類
呈綠色的細釣絲狀， 且種類繁多， 通常纏繞水草而生， 而非附著其上。 它以水中的肥料為養分進行繁衍， 故必須中止液肥的投注， 並且還要頻繁地換水。
