生態水箱的物種選擇

一個飼養著極具侵略性的食人魚水族箱選擇物種的原則眾說紛紜， 較為普遍的做法是根據物種的侵略性來選擇。 一個水族箱可同時容納幾種能夠共處的非侵略性物種， 但具侵略性的， 只能與互相制衡的物種共處。
一個水族箱內的物種， 可能並非源自同一個地區， 但所要求的水質條件相若。 水族箱內除了有魚外， 還可放入一些無脊椎動物（如蝦、蟹）、水生植物及一些“水族家俱”。
有一些水族箱只飼養單一種品種的魚， 無需放置底物， 或只加入植物。 這類水族箱通常是用以飼養鱂魚（Killifish）、卵胎生的魚類（livebearer）、麗魚（cichlids）等， 作為繁殖之用。
生態型的水族箱類比大自然特定的生態系統， 將不同種類的魚、無脊椎動物、植物養在一起， 並調節水質， 設計修飾成天然環境。 生態型的水族箱是最複雜的水族箱， 知名的公眾水族箱都是以生態型水族箱作展覽。