正如前面所說的， 過濾材料中生長有大量的硝化細菌群落， 濾棉、陶瓷環以及其它您所使用的多孔材料是數以百萬計的細菌的聚集場所。
有時您的過濾系統會因為碎石或者其它微小顆粒(比如食物， 細沙等)造成阻塞。 這可以通過篩檢程式的出水口的流量減小來判斷(如果出水口是設置在水面就很容易察覺出來， 而這種設置是一種較實用的做法)， 這時就必須採取措施了。 您可以拔下篩檢程式並將阻塞物清除出去， 同時更換全部濾材， 這樣做可以確保您的篩檢程式的流量保持原來的狀態， 但卻犯了一個錯誤。 因為您已經把數以百萬計的有益細菌也全部丟棄了， 這樣您將您的缸置於危險之中。 而只有殘存的一小部分有益細菌(在底沙、玻璃、植物等其它任何地方)可以進行硝化作用了， 而這時魚兒的數量還是不變的。 在此情形下，
因此， 如果您需要更換濾材， 避免一次全部更換， 應保留一部分。 如果缸中有兩個篩檢程式(作者通常同時使用六個以上)， 您可一將其中一半的篩檢程式的濾材徹底更換， 等2~3周之後再更換另一半篩檢程式的濾材。 如果您只使用單個篩檢程式， 您應該用缸裡的陳水輕柔地清理濾材然後重新將這些濾材放回到篩檢程式中。 請不要用自來水清洗， 因為自來水中的氯會殺死硝化細菌。
記住只能使用缸中的陳水或者是經過除氯的熟水。 為安全起見， 最好使用兩個以上的篩檢程式。
