在飼養水族的過程中， 魚類等水族生物的排泄物、殘存的餌料以及死亡的生物等等不斷地累積很快地就達到有毒的狀態， 特別是在水族箱這種空間狹小而密閉的生態環境， 而自來水中也會含有一些對水族生物造成一定危害的有毒或有害的成份。 所以， 在飼養水族的過程中， 這些有害因素以及相關會對水族生物生存構成危害的有毒物質是必須去除的。
要淨化濾清水質必須依靠某些過濾材料才可以達到。 如何正確地應用有效、合適或者特殊功用的過濾材料是水族箱過濾系統的生命原動力。
過濾材料根據材質不同， 啟到的效果也是不同的。 大致上我們可將過濾材料分為機械性、生化性、吸附性以及化學性過濾材料四類。
1.機械性過濾材料
機械性過濾材料， 如:羊毛絨、陶瓷環、綠膠脂（過濾纖維）以及各種過濾泡棉， 就好象一個篩子或者濾紙， 啟到的作用是， 可以截住體積粗大的排泄物以及殘餘餌料等等。
2.生化性過濾材料
在水族箱中因為魚類等水族生物的存在就會自然地產生或累積有毒的氮化物。 而在大自然中， 因為有足夠的水消散或者稀釋這些有毒廢物， 甚至有的可以借助由微生物或其他生命體轉化為有用的能量。 但是在水族箱中， 除非有一個強而有力的生化式過濾系統來分解這些有毒物質，
這種過濾方式就是利用微生物如硝化菌群來淨化水質的。 這些細菌一般都會附著居住在水族箱內較硬的表面， 並以有毒廢物為生長食物， 可以將毒性極大的阿摩尼亞以及亞硝酸鹽轉化為毒性較低的硝酸鹽， 再憑藉定期的抽換水即可將硝酸鹽去除， 使水質完全淨化無毒素。 所以， 生化式過濾系統啟到的作用是所有過濾作用裡最為重要也是最為推薦使用的。
經過長期的使用， 機械性以及化學性的過濾材料也會兼具生化性過濾材料的過濾功效， 硝化菌群會棲息於這些過濾材料的表面， 不過繁衍生長的數量卻相當有限。 所以， 為了提供足夠大而且多的表面空間供硝化菌群居住繁衍，
需要注意的是:一個完整的生化過濾系統的硝化菌群完全成熟而發揮作用， 需要至少21天或者更久。 為了確保過濾系統在清洗後仍舊能夠正常運作， 如果在抽換水後清洗過濾材質， 最好使用抽換出來的舊水來沖洗， 同時， 建議每次生化性過濾材料更換不要超過1/3—2/3。
3.吸附性過濾材料
吸附式過濾是以活性炭之類的物質來吸收一些溶解于水中且具有一定毒性或對水族生物有危害性的化學物質， 例如:自來水中的氨、使用清潔劑以後殘留的鹼性物質、藥浴治療後殘存的物質以及其他水溶性重金屬物質。
4.化學性過濾材料
化學性過濾材料並不具有過濾水質的任何功能， 主要是用來控制或轉化水質的化學性或化學結構， 例如:草酸泥（泥炭苔、草泥丸）、陽離子交換樹脂等等， 可以啟到軟化水質、增酸以及將水色調理得與熱帶黑水區域相同， 由於使用的過濾材料經過嚴格的品質篩選， 使用絕對安全， 且不會對水質造成任何負面影響。 而陰離子交換樹脂等等的過濾材料則可將水質中有害的磷酸鹽含量降至最低點。
