花羅漢雖然身體強壯， 環境適應能力強， 抗病能力也不弱。 但是受到水質環境、飲食、細菌、病菌傳染等等各方面的影響， 花羅漢也會生病。 它們常見的疾病主要有， 小瓜蟲病、脫水病、爛口病、爛尾病、爛鰭病、口棉病、鰓病等等。
口棉病， 主要是魚兒的口唇部因捕撈運輸時或在運輸途中所造成傷害；細菌嚴重感染繼而發炎；又或者是水痿病附著寄生。 患病的花羅漢魚口唇部出現潮紅繼而腫脹， 進而有似棉絮狀之物質附著， 嚴重影響魚兒的正常飲食和成長。
鰓病， 主要是不適宜的水質環境所造成的傷害；被寄生蟲的寄生感染；又或者是柱狀菌及其他細菌感染。 患病的花羅漢食欲完全喪失、體色變暗淡、鰓部腫脹， 令鰓蓋無法合壁、呼吸急促、困難、費力喘息之狀況。
脫水病， 主要是由水質不良所造成；又或者是細菌或元蟲的混合所侵入感染。
爛口病， 主要因水菌的寄生所引起， 水質惡化， 令細菌容易繁殖， 導致花羅漢容易換上爛口病。 患病的魚兒口部及鰓蓋處呈似白棉花團狀， 逐漸被侵蛀且腐爛， 食欲不振、動作遲緩。 這種疾病容易傳染， 而且患病嚴重的花羅漢會迅速斃命。
白點病又稱小瓜蟲病， 主要是由於寄生小瓜蟲而產生的疾病。 患病的花羅漢魚表體、魚鱗、眼部及鰓等各佈滿約0.5-1.0MM之小白點， 繼而破損潰爛破離， 魚兒身體發癢， 並且會在石頭上磨擦魚體， 鰓部大量寄生， 增加黏液分泌， 呼吸困難， 最後窒息死亡。
