1、蜥蜴下頜骨的左右兩半以骨縫結合， 不能活動， 口不能張大。 蛇的下頜骨左右兩半以韌帶相連， 彼此間可拉開， 這是蛇的口可以張得很大的原因之一。
2、蜥蜴一般具有四肢， 即使四肢都退化無存的種類， 其體內必有前肢帶(肩帶)的殘餘。 蛇一般不具四肢， 即使有後肢殘餘的種類， 其體內也絕沒有前肢帶的殘餘。
3、蜥蜴多具有活動的上眼瞼和下眼瞼， 眼睛可以自由啟閉。 蛇的上下眼瞼癒合為一透明的薄膜， 罩在眼睛外面， 看起來， 蛇眼永遠是睜開的。
4、蜥蜴多數種類的舌頭都較寬大肥厚。 蛇的舌頭都很細長，
5、蜥蜴一般都有外耳孔， 即使沒有， 也可從外表看出鼓膜的所在。 蛇沒有外耳也沒有鼓膜， 所以外表上看不出聽覺器官的痕跡。
6、蜥蜴的尾巴都較長， 一般約等於(或僅略短於)頭體長， 或為頭體長的2—3倍。 蛇的尾巴相對較短， 為體長的 1/2到1/4(即尾長占全長的1/ 3—1/ 5)。
