不潔淨的飼養環境很容易造成黃肚紅耳龜發生疾病， 所以在養殖時要特別注意水質的問題，
雖然黃肚紅耳龜是最容易養， 也最不挑剔的水族箱養殖動物， 但是有一個缺點：它們排泄太快大多， 加上溫度高， 剩餘的飼料容易腐敗， 所以水總是發臭。 才換過水兩天， 又變成一池渾湯， 連黃肚紅耳龜都幾乎看不見了， 這是因為單胞藻繁殖的緣故， 水中養份充足、溫度合宜， 綠藻養繁殖極速。
最簡單的辦法是完全換水。 餵食後四小時把舊有髒水放掉、抽掉、倒掉。 然後以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。 清洗時先把黃肚紅耳龜放到一個塑膠盆裡或池畔的陸地上跑不掉的地方。 注入溫度適宜的清水後再把龜放回水中。
有些種類的沼澤龜或水龜不太能適應完全換清水， 但黃肚紅耳龜不久便能習慣于這種作法和給它帶來的干擾。 完全換水仍有一個缺點二會誘使彩龜加速排盡腸中糞便， 把剛換過的水又弄髒了， 所以最好在換水後不久察看一下養殖箱(池)， 把糞便清除。
