黑頸烏龜最大的特點就是黑， 這是一種並不止頸部是黑色的龜， 成體的黑頸烏龜通體都是黑色，
黑頸烏龜體型較大， 背甲通常長12～25cm， 寬11～19cm。 背甲長橢圓形且平扁， 具一明顯的縱行脊棱， 無側棱。 成龜背甲一般棕褐色或黑褐色(幼龜背甲略呈黑褐色)， 有些個體每一盾片的中央部色較淺淡。 成體腹甲黑色， 幼體腹甲棕黃色， 每塊盾片邊緣均有不規則的棕褐色斑紋。 甲橋部棕褐、黑褐或棕灰色， 與腹甲顏色明顯不同。
頭部大且寬， 吻鈍， 吻略突出於上喙， 向內下側斜切。 下鄂左右齒骨聯合交角大於或等於90度。 頭部黑色， 側面有黃綠色條紋(幼體頭部側面或頸部為橘紅色)。 四肢黑色無條紋， 指、趾間具蹼。 尾黑色且短。 雌龜體型較大， 尾較短，
