選購一套底層過濾（又稱：砂土層篩檢程式、底層浪板、底板式篩檢程式）雖然花費不多， 既有效又不需作特別的保養。 可是， 如果有任何差錯， 造成的後果是不堪設想的。 當這種篩檢程式自1988年在國內面世時， 水族愛好者只是盲目地聽從廣告， 根本對它的操作原理一竅不通。 經過一段時間的使用後， 問題不斷出現， 然後對它作出了另水質污染， 間接造成魚類死亡等的評價。 其實， 造成這種不良後果的原因是由於大多數水族愛好者不太瞭解底層過濾的操作技巧和實用價值而引起的。
底層過濾的主要功能是提供生物性過濾效能。
第一種氮化細菌， 英文稱作：Nitrosomonas， 主要作用是利用水中的氧份將腐化生物或植物所產生的氨元素轉化為亞硝酸鹽， 但由於亞硝酸鹽和氨元素一樣是有害物質， 因此， 另一種英文稱作：Nitrobacter的氮化細菌就將亞硝酸鹽還原成為無害的硝酸鹽。 之後， 便成為植物和海藻體製造食物的主要媒介。
同樣是氮化迴圈過程， 在海洋進行和在水族箱進行是有極大差別的。 由於海洋面積大， 魚類密度小， 因此便聚集了大量氮化細菌在海水中。 相反， 由於水族箱面積小， 魚類密度高，
曾經有人利用過濾媒體作細菌細菌繁殖地， 但由於使用頻繁極易致使媒體受損， 就間接減少了細菌的數量。 在細菌重新在媒體繁殖的時間裡， 水中的氨和亞硝酸鹽的含量可能因而提高， 對魚類和其他生物造成某種程度上的傷害。
這種情況常出現在新缸設立的初期， 在最初數星期時間裡， 由於細菌不足， 氨和亞硝酸鹽的含量相繼提高， 倘若這時再增加生物數量就會出現新缸綜合症狀， 導致部份生物死亡。
為了提供良好的生物性過濾方式， 在選擇使用效果顯著但價格較昂貴的滴流式生物過濾之外， 有些水族愛好者便選用了比較大型的底層過濾，
對於一般的底層過濾來說， 水流經過較小面積的砂礫頂部， 而砂礫層之間的空間越寬敞。 第一層以下的每層砂礫面積和空間變大變寬敞， 這樣的設計安排為了提供更多的表面積， 及將淤塞的速度變慢， 倘若底層過濾過份淤塞就需要將水流從相反方向通過篩檢程式範圍向後噴射，
底層過濾是基於這種概念而製成的。 在一塊多孔的塑膠板上放置足夠厚度的砂礫， 水便會通過一條設在塑膠板後面的上升管從板下排出， 塑膠板下的水流霎時被流經砂礫層範圍的水所取代。 同時， 氮化細菌亦開始聚集在大部分的砂礫層上。 結果， 水中的細菌數量才足以應付生物性過濾程式。
為了確保充足的水流量， 上升管的底部就放置一個氣石裝置， 形成一條氣泡水流， 將水推向水面去。 氣石和氣泵製造大量氣泡之際， 流經底層過濾的水流量已足夠細菌應用。
可是， 氣石裝置經過長期使用就會卡住許多雜質， 從而大大影響效能。 與此同時， 氣泵的壓力亦隨之提高，
氣石的代用品是潛水泵， 它只是一個裝在密封塑膠罩體裡的小型馬達。 當把它裝置于上升管的頂部時會通過槳翼旋轉將水拉往管子之上。 除了要定期清理潛水泵的槳翼上的雜質之外無需再作其他保養措施。
為了減少雜質聚積在砂礫層上影響水流狀況， 有些水族愛好者會將底層過濾的水流水流作顛倒式操作， 方法是將底層過濾的水流經上升管再進入過濾板底部， 之後在上升經過經過砂礫層範圍。 最常用的顛倒式水流操作法是使用有連接裝置的潛水泵， 因此， 水流可先通過一個小型的海綿篩檢程式再進入潛水泵之後再被推落上升管裡。 但必需清理海綿體確保沒有雜質才會使水流暢通無阻。此外，也有水族愛好者選用外部筒式篩檢程式來配合底層過濾來營造顛倒式水流效能，但由於裝置外部筒式篩檢程式費時費力，並且在泵體的水流會產生摩擦從而嚴重影響外部筒式篩檢程式的正常流量。所以，採用潛水泵作為動力源才是最有效的 。
當底層過濾面世之初最大的缺點就是經常出現淤塞現象。雖然水流經過砂礫層時可能出現雜質淤塞，但在功用上來看，砂礫範圍是一個巨型的機械式篩檢程式，而且提供不少細菌的棲息地。經過底層過濾的水質變得優質，也是底層過濾最主要的特點。因此，底層過濾是不會造成水質污染的，問題是需要經常悉心料理。
為了減少底層過濾面淤塞的問題，除了使用底層過濾水流作顛倒式操作之外，還可利用分離式過濾法和砂礫真空法。前者是利用外置強力篩檢程式將水中雜質儘量清除後再流經底層過濾，有關機械式篩檢程式的流量往往高於底層過濾。
而採用砂礫真空法是一個最佳辦法，可搭配分離式機械篩檢程式。方法是利用一條較大的管子插入砂礫層中，當水從水缸抽進時砂礫會在管子裡旋轉滾動，借此將雜質去除。這個方法在每星期換水時操作極為有效。也有水族愛好者批評這個在管子裡滾動砂礫的方法，稱會間接導致不少氮化細菌的流失。但是，除了在一般飼養生物過份擠迫的水族箱外，流失少量的氮化細菌的問題不太。
在砂礫上放置過多的岩石和沉木也影響生物性過濾的進行，這些被視為死角的位置往往會阻礙水流通過，因而缺乏氮化細菌的集結。因此，在換水過程中宜將這些岩石和沉木移位使之可以方便吸取沉積的雜質。另一方面，有些水族愛好者懷疑砂礫層中沒有氧份的地方也可能同時缺乏足夠的水流。其實，這種質疑是無謂的，為了確保水流通暢流經砂礫層，只需以氮化細菌過濾有雜質的水即可。
有水族愛好者懷疑悉心料理底層過濾會否真正提供理想的生物性過濾？答案是肯定的，但也要注意飼養的魚種，過份喜歡翻動砂礫的魚類造成的過濾板暴露只會導致水直接流向過濾板，而不再經過砂礫層了。另外，如果較大的水族箱採用了數塊過濾板就必須每塊過濾板的的水流動力源都是都是獨立的，以保證不會不會降低相互間的水流衝突。
過去數年裡，水族愛好者異口同聲地批評底層過濾，雖然有些製造商設法力挽狂瀾，但依然無法改變惡劣印象，但無論如何，只要悉心料理、保養，採用底層過濾仍不失是一個既便宜又有效的方法。
但必需清理海綿體確保沒有雜質才會使水流暢通無阻。此外，也有水族愛好者選用外部筒式篩檢程式來配合底層過濾來營造顛倒式水流效能，但由於裝置外部筒式篩檢程式費時費力，並且在泵體的水流會產生摩擦從而嚴重影響外部筒式篩檢程式的正常流量。所以，採用潛水泵作為動力源才是最有效的 。當底層過濾面世之初最大的缺點就是經常出現淤塞現象。雖然水流經過砂礫層時可能出現雜質淤塞，但在功用上來看，砂礫範圍是一個巨型的機械式篩檢程式，而且提供不少細菌的棲息地。經過底層過濾的水質變得優質，也是底層過濾最主要的特點。因此，底層過濾是不會造成水質污染的，問題是需要經常悉心料理。
為了減少底層過濾面淤塞的問題，除了使用底層過濾水流作顛倒式操作之外，還可利用分離式過濾法和砂礫真空法。前者是利用外置強力篩檢程式將水中雜質儘量清除後再流經底層過濾，有關機械式篩檢程式的流量往往高於底層過濾。
而採用砂礫真空法是一個最佳辦法，可搭配分離式機械篩檢程式。方法是利用一條較大的管子插入砂礫層中，當水從水缸抽進時砂礫會在管子裡旋轉滾動，借此將雜質去除。這個方法在每星期換水時操作極為有效。也有水族愛好者批評這個在管子裡滾動砂礫的方法，稱會間接導致不少氮化細菌的流失。但是，除了在一般飼養生物過份擠迫的水族箱外，流失少量的氮化細菌的問題不太。
在砂礫上放置過多的岩石和沉木也影響生物性過濾的進行，這些被視為死角的位置往往會阻礙水流通過，因而缺乏氮化細菌的集結。因此，在換水過程中宜將這些岩石和沉木移位使之可以方便吸取沉積的雜質。另一方面，有些水族愛好者懷疑砂礫層中沒有氧份的地方也可能同時缺乏足夠的水流。其實，這種質疑是無謂的，為了確保水流通暢流經砂礫層，只需以氮化細菌過濾有雜質的水即可。
有水族愛好者懷疑悉心料理底層過濾會否真正提供理想的生物性過濾？答案是肯定的，但也要注意飼養的魚種，過份喜歡翻動砂礫的魚類造成的過濾板暴露只會導致水直接流向過濾板，而不再經過砂礫層了。另外，如果較大的水族箱採用了數塊過濾板就必須每塊過濾板的的水流動力源都是都是獨立的，以保證不會不會降低相互間的水流衝突。
過去數年裡，水族愛好者異口同聲地批評底層過濾，雖然有些製造商設法力挽狂瀾，但依然無法改變惡劣印象，但無論如何，只要悉心料理、保養，採用底層過濾仍不失是一個既便宜又有效的方法。
