在水族箱中使用基肥和根肥大多數是針對水草而言的。 簡單的說， 基肥是開缸或者翻缸時使用的。 因為水草缸底沙不含有任何有效元素， 尤其是水草生長所需的大量元素， 所以開缸之初用基肥作為水草開始生長階段的營養補充。 而根肥則是有選擇性的為需肥量比較大的水草如簀藻、紅蝴蝶等水草補充養分。 兩者的使用方法和作用還是有較大的區別。
對於基肥而言， 在開缸或者翻缸使用的時候也需要特別注意。 因為在這個階段， 由於水族箱中水體的硝化系統受到重創， 系統非常脆弱。 因此對於水族箱的主人來說， 要做到既能夠為水草提供成長所需要的足夠養分， 又需要能夠避免養分的過度而增加系統的負擔， 就是這個階段需要重點考慮和注意的問題。
針對根肥而言， 使用的方式主要是根肥的使用方式是根據水草營養吸收的特點有針對性的進行添加，
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