過濾系統主要的功能就是保持水質環境的長久乾淨, 清除水族箱中的污垢和垃圾, 為飼養的水族生物提供一個良好的生活環境。 其主要的工作原理有:物理過濾、化學過濾、生物過濾幾種方式。
物理過濾就是用篩檢程式材濾掉水族箱中的固體顆粒即我們不需要的、有礙觀瞻的、能夠腐敗的那些廢物, 從而減少氨的產生, 使水清澈透明, 適於魚的生長。 當然物理過濾本身並不能濾掉溶化在水中的氨。 一般也不能濾掉水中的細菌和藻類。
化學過濾主要用化學反應來消除水中的有害物質。 這些物質有的以離子狀態存在, 有的以化合物的形態存在。 通過化學反應可以使其變為無害物質或生成沉澱, 或應用其極性將小顆粒凝結成大顆粒, 然後再被物理性濾材去濾掉。 常用的有淨水劑、水質穩定劑等。
生物過濾是近幾年時興的過濾方式。