瞭解硝化細菌如何正確使用， 在其使用的過程中一定能少走許多彎路。
1， 硝化細菌不能當做殺菌藥物使用， 硝化細菌只是可以抑制其他細菌滋生。 當魚生病時應該直接對症下藥， 不要聽信一些人的話， 用高濃度的硝化細菌作治療藥劑， 這樣很可能就耽誤了疾病治療的最佳時期。 硝化細菌可以在正常養殖中適時的補充， 來抑制其他細菌的滋生， 從而達到預防細菌性疾病的效果。
2， 硝化細菌並無淨水的功效。 它只是可以分解氨氮和亞硝酸鹽等對魚有毒害作用的物質;抑制藍藻、裸藻等有害藻類，
3， 新水族箱應採取一定措施後再投放硝化細菌。 很多人在新購水族箱中加滿自來水後， 立即倒入大量硝化細菌， 所謂“開缸”， 應該知道硝化細菌也需要廢物(氨氮、亞硝態氮)做“食物”， 在新水中往往缺少這些物質， 造成硝化細菌活化後， 由於缺少“食物”而大量死亡， 反而影響了水質。 空缸培養硝化細菌很慢， 可以放一些試水的魚， 增加水的活性或者鋪上底泥， 使硝化細菌有可以吸收利用的氮元素和其他有機物質， 這樣才能促進硝化系統的建立。
硝化細菌是一種用於控制養殖池水自生氨濃度的處理劑， 不僅使用相當方便， 而且能發揮立竿見影的效果， 故越來越受漁友的歡迎。 使用時可直接將該劑散佈于池中， 不久即能發揮除銨的功效。
