第一步：水中有機垃圾被淨水細菌分解將會轉變為氨， 氨在水中轉化為銨。
第二步：生存于水中的硝化細菌（亞硝酸菌屬細菌）能通過氧把銨會轉變為亞硝酸鹽；硝酸鹽雖然毒性教低， 但高濃度的話有致命的毒害。
第三步：亞硝酸鹽之後又被第二種硝化細菌（硝酸菌屬細菌）轉變為硝酸鹽；而硝酸鹽幾乎是無毒的， 但突然或長期暴露在高濃度的硝酸鹽裡是有害的。
第四步：硝酸鹽會被厭氧性細菌（反硝化細菌）變為氮氣而昇華。 硝酸鹽又是藻類等植物的最佳氮肥， 能被植物所吸收及同化。
補充：
硝酸鹽基本沒毒的，
建議底沙過濾， 效率雖低， 但它對付硝酸鹽最有效的。
因為底沙中的無氧環境讓厭氧菌大量滋生繁殖， 厭氧菌能把硝酸鹽還原為氮的。
不過容易滋生有害菌類。
