馬來西亞巨龜的飼養比較困難， 主要的原因在於其巨大的體型， 很多人飼養馬來巨龜只能選擇在水池裡飼養，
一、馬來西亞巨龜的水質管理
馬來西亞巨龜長期生活在水中， 水質的好壞直接影響龜的健康， 池水透明度低於30釐米時， 應及時換水並交替全池潑灑生石灰和漂白粉， 以預防疾病的發生。 春、秋季水位適中， 夏、冬季水位加深， 起到降溫和保溫作用。 春、夏、秋季宜在餵食後換水， 冬季宜在餵食前換水。
二、馬來西亞巨龜的冬季管理
當水溫22℃時， 在餌料中拌入抗生素類藥物， 增強其越冬期抗病力。 水溫14℃時龜已冬眠， 這時需對龜進行檢查， 不健康的龜應加溫飼養， 保持水溫22℃以上， 採取相應治療措施並正常餵食。 健康的龜進入冬眠後， 每半月換水1次，
水溫保持在10℃以上。 冬眠中， 對一些漂浮水面的龜應及時撈出， 隔離加溫飼養。 隨著氣溫的升高， 水溫達15℃左右， 龜有少量活動。 溫度18℃時已有少量龜覓食， 第1次餵食前需清池、消毒。
