1．光照不足
水草在生長過程中， 由於光照不足， 會降低水草的光合強度， 同時也就影響了水草的正常生長發育。 如紅柳、紅蝴蝶等紅色水草， 因光照不足會使葉內的花青素減少， 而葉綠素增多， 以後就逐漸地變為綠色， 原來那種豔紅奪目的色彩慢慢地消褪；綠色水草若在光照不足情況下， 也表現出黃化、植株纖弱、生長不正常。 如果把它放在光照充足的條件下， 水草又慢饅地恢復了正常， 葉色也翠綠欲滴；紅色水草也變得豔紅耀眼。 因此， 要加強光照避免光照不足而影響植株的正常生長。
2．水溫過高過低
水箱的水溫過高， 使水草的葉片或幼嫩部分發生的傷， 導致落葉或黃化等現象發生， 嚴重時， 葉片易於腐爛和溶解。
水溫過低的話， 對多數熱帶或亞熱帶水草的生長發育也會有影響。 如植株體內的代謝機能降低， 並停滯生長。 有時也使植株全株或局部發生壞死、爛根等症狀。
3．脫水現象
水草的脫水是一種生理現象（燒枝）， 其原因主要是施肥過多所致。 因水中的總離子濃度高於水草體內， 發生了滲透作用， 於是就出現縮水現象。 發生輕微時， 葉形變小， 幼葉捲曲不伸展；若嚴重時， 全株葉片脫落， 漸而腐爛死亡。
（三）生物機械傷害
1．螺類食傷
螺類等軟體動物是清除水箱藻類的幫手， 但有時為了補充食源，
2．魚類損傷
一些種類的熱帶魚在原產地均以水草作為食源。 現在作為觀賞魚來飼養， 雖喂的是人工飼料， 但仍改不了吃水草的習性。 所以， 在水箱裡避免養像泰國鯽。 八字娃娃等食草魚類， 還有些魚如皇冠泥鰍等雖不吃水草， 但有掘穴的習性， 因此也傷害了水草的根系部分。
1．紅藻類
紅藻（包括刷狀藻和須狀藻等）對水草的破壞性較大。 其特點喜于明亮場所滋生， 所以玻璃壁和沙礫上都附生著紅藻類， 嚴重時有礙於觀賞。 須狀藻為害水草時， 則呈捲曲狀附著于葉的尖端；而刷狀藻在水草葉面、莖及根上長出厚密的刷狀物，
2．綠藻類
綠藻的種類很多， 有絲狀的， 也有斑點狀的。 絲狀藻類一般附著水草而生；斑點狀藻卻附在玻璃壁或水榕類等水草葉面上。 若絲狀藻附著在鹿角苔等水草上， 則很難除淨。
3．藍藻類
藍藻是一種危險性的藻類， 很容易發生在初設的水箱內。 其特點就是繁殖快， 生長迅速。 附生在水草上時， 形成一層脂膜而抑制水草的呼吸作用。
