二、細菌
細菌可經由水草體表的自然開口及傷口進入體內, 但由於經自然開口進入體內受抵抗力較大 , 進入比較困難,
細菌在水中的傳播方式與真菌不全然相同。 細菌不能產生孢子, 故細菌主要靠自己的能力使水草感染。 另外水生動物的攜帶也是傳染的途徑, 例如水蝸牛可將病菌由一株病株傳染到另一植株。 多數細菌在未找到寄主之前, 如果環境中的養分、溫度、PH等主要因數都適宜細菌生存時, 即使寄主水草並不存在, 細菌也可以在水中自由生存。 細菌侵入水草後, 是否能使水草染病, 以及發病速率等, 要受到環境及寄主水草本身條件的影響。 就環境因數而言, 溫度、水質及養分是控制水草代謝作用與病菌在寄主組織中繁殖速率的重要因數。
儘管病菌容易被藥劑殺死, 但它們導致的病害卻難以防治。 即使將病株剔除, 水中依然可能存在大量的病菌。 用對水草安全劑量的含氯藥劑或紫外線殺菌燈可能將水中病菌殺死。
三 、病毒
水中的病原病毒對水草無直接入侵的能力, 只要水草沒有傷口, 病毒便很難感染。 但如若修剪水草、或是水中存在以水草為食的魚類、蝦類、螺類等動物時, 它們便成為了傳播媒介。
病毒侵入水草體內後, 同病菌一樣需要經過一段潛伏期,
水草病毒病沒有經濟可行的方法治療, 只能以預防為主。 防止水草受傷, 減少病毒從傷口感染的機會;勤于換水, 水中存在的病毒可因換水而被稀釋, 只要達到其致病的臨界濃度以下病毒就無法成功感染水草了。