巴西龜爛甲病一般是由於甲殼受磨損後， 細菌侵入而導致甲殼潰爛。 當然也有可能是因為也有可能是收到機械性損傷， 如野外捕捉時或運輸途中受到硬物碰傷， 或者從高處跌落導致甲殼受損。 在發現巴西龜爛甲之後， 家長應該及時處理並且進行診斷治療。
治療巴西龜的爛甲病， 可以先用酒精棉把針和指甲鉗消毒乾淨；在用指甲鉗小心將病灶處的外殼剪一小口；然後用針小心將白色腐爛的甲一點一點挑除， 貼近生肉的地方要先用針輕輕試探一下。 需要注意的是， 如果發現巴西龜掙扎得很厲害， 那麼就表示那塊挑撥的肉是健康的， 此時家長就應該停止動作了。
接下來應該用酒精棉輕輕擦拭傷口處， 讓酒精棉的酒精能滲透進去， 然後稍待傷口處的酒精風乾；再將金黴素藥膏填滿傷口凹處。 因為金黴素藥有一定的防水性，
在治療期間， 家長應該多給巴西龜準備一些小魚或者骨頭類的食物， 因為這些食物營養豐富， 可以促進新甲的健康生長。 同時， 每次換水的時候， 都不能直接使用自來水。 所選擇的自來水一定要先經過太陽暴曬， 然後才能飼養巴西龜。
一般來說， 在飼養者精心的養護、管理之下， 巴西龜的爛甲病在1周左右就會有明顯的治癒效果。 在此期間， 家長還應該定期用酒精棉消毒傷口後再填藥膏， 直到巴西龜的爛甲病痊癒為止。 此外， 當巴西龜的傷口處長出新的甲片， 就表示巴西龜的傷口處於恢復，
